Organy instytucji i ich kompetencje
Dyrektor Centrum Unijnych Projektów Transportowych:
3 marca 2016 r. Minister Infrastruktury i Budownictwa powierzył pełnienie obowiązków dyrektora CUPT panu Przemysławowi Gorgolowi.
Zgodnie z § 3 ust 1. i ust. 2 zarządzenia nr 5 Ministra Transportu z dnia 29 marca 2007r. w sprawie utworzenia państwowej jednostki budżetowej Centrum Unijnych Projektów Transportowych działalnością CUPT kieruje Dyrektor, który reprezentuje CUPT na zewnątrz, wykonuje czynności z zakresu prawa pracy wobec osób zatrudnionych w CUPT, w tym zaciąga zobowiązania w trybie Prawo zamówień publicznych oraz odpowiada za realizację przez CUPT zadań Instytucji Pośredniczącej II wynikających z Porozumienia zawartego w dniu 6 listopada 2007 r. zmienionego Aneksem nr 1 z dnia 9 stycznia 2008 r., Aneksem nr 2 z dnia 22 stycznia 2010 r. oraz Aneksem nr 3 z dnia 9 września 2010 r.
Dyrektora powołuje i odwołuje minister właściwy do spraw transportu.